LOS 12 MITOS Y LEYENDAS DE LA MICROBIOTA QUE LA CIENCIA DESMIENTE

Con el fin de evitar enmiendas en el futuro, dos investigadores recopilan en un artículo publicado en ‘Nature Microbiology’ dogmas erróneos sobre el microbioma

Todos los misterios del organismo pasan por la flora y fauna de nuestro sistema intestinal. O no. Lo cierto es que para cualquier patología siempre hay una evidencia en el microbioma. Y ha llegado el momento en que los científicos han dicho que no todo es así y que “si constantemente repetimos falsedades sobre detalles menores, ¿se puede confiar en nuestra precisión cuando cubrimos asuntos más importantes?”.

Así de rotundos se muestran Alan Walker y Lesley Hoyles en un artículo de Perspective en Nature Microbiology. En el mismo han diseccionado la explosión de investigaciones recientes sobre el microbioma humano y han puesto sobre la mesa las inexactitudes que carecen de una base de evidencia sólida.

De todo este análisis han resumido 12 mitos y conceptos erróneos persistentes o emergentes donde describen sus inexactitudes fácticas. Este aumento en el interés también ha generado exageraciones y ha arraigado algunos conceptos equivocados. Las declaraciones sobre este tema se pueden repetir para que se consideren hechos, sin pruebas sólidas que las respalden y con ambigüedad con respecto a la fuente original.

Walker y Hoyles, investigadores de las universidades de Aberdeen y Nottingham aseguran que desmitificar y corregir conceptos erróneos, incluso si son relativamente menores, es importante para evitar proyectos de investigación improductivos, fomentar el pensamiento crítico y preservar la confianza del público en la ciencia del microbioma.

1. Campo nuevo. Aunque los avances más prósperos daten de 15 años atrás, las primeras investigaciones sobre microorganismos asociados con humanos se dieron hace más de cien años. La bacteria Escherichia coli fue descrita ya en 1885.

2. Joshua Lederberg acuñó el término “microbioma”. El microbiólogo laureado con el Premio Nobel no es responsable de la denominación en 2001, porque microbiota es un término microbiológico básico de uso común durante al menos 50 años.

3. Hay 1012 células bacterianas por gramo de heces humanas. Mediante unas pruebas complejas se ha determinado que suele oscilar entre 1010 y 1011 células microbianas por gramo de peso húmedo de heces.

4. Pesa entre uno y dos kilos. Como mucho alcanza los 500 gramos. Esto es porque la mayoría de la microbiota humana reside en el colon, y” estos microorganismos suelen representar menos de la mitad del peso de los sólidos fecales”.

5. Supera en número a las células humanas en una proporción de 10:1. Es uno de los conceptos erróneos más repetidos. Se ha demostrado que se originó a partir de un cálculo “al final del sobre” en la década de 1970, cuando en realidad la proporción es más cercana a 1:1. Cabe señalar que “es probable que la proporción varíe de persona a persona y depende de factores como el tamaño del cuerpo del huésped y la cantidad de material fecal que transporta en el colon”.

6. Se hereda de madre a hijo. Aunque algunos microorganismos se transfieren durante el parto, proporcionalmente pocas especies de microbiota son verdaderamente “hereditarias” y persisten desde el nacimiento hasta la edad adulta en la descendencia. “Cada adulto termina con una configuración de microbiota única, incluso los gemelos idénticos que se crían en el mismo hogar”.

7. La mayoría de las enfermedades se caracterizan por un patobioma. Este concepto ha sido definido “vagamente” como interacciones perjudiciales entre las comunidades microbianas y su huésped que conducen a la enfermedad. Desafortunadamente, “este término es demasiado simplista e inherentemente defectuoso”. No hay evidencia de que tenga un papel característico en “la mayoría” de las enfermedades.

8. La relación firmicutes-bacteroidetes está alterada en la obesidad. Esta afirmación, sobre dos de las cinco familias de bacterias presentes en la microbiota, es comúnmente utilizada pero errónea “se deriva principalmente de la investigación basada en roedores y de los hallazgos en estudios humanos únicos o con poca potencia”. Sin embargo, al igual que con muchos otros estudios que informan vínculos entre perfiles de microbiota específicos y enfermedades, “la reproducibilidad es deficiente”.

9. El microbioma es funcionalmente redundante. Este argumento se deriva de estudios que muestran que, mientras que “la composición taxonómica de los metagenomas humanos puede variar enormemente”. Aunque existen funciones importantes que se conservan en muchas especies diferentes de microbiota humana, como la producción de ácidos grasos de cadena corta, “hay muchas funciones clave que solo llevan a cabo un número relativamente pequeño de especies de microbiota”.

10. La secuenciación es imparcial. Aunque los métodos basados en secuencias han sido transformadores para la investigación de microbiomas, no son perfectos.

11. Necesidad de una metodología estandarizada. Esta opinión prevalece en el campo del microbioma y es sensatamente basado en un deseo de hacer que sea más fácil y más sólido comparar resultados de diferentes estudios.

12. La mayor parte de la microbiota humana es ‘incultivable’. Aunque es innegable que el cultivo requiere mucha mano de obra, “tiene sus propios sesgos y a menudo requiere costosas equipos y medios especializados, hay claras ventajas de tener microorganismos en cultivo”. Estos incluyen permitir experimentos mecanicistas, verificar predicciones genómicas y desarrollarlas como terapias novedosas.

REACCIONES DE LA COMUNIDAD CIENTÍFICA
Toni Gabaldón, profesor de investigación ICREA y jefe del grupo de Genómica Comparada del Instituto de Investigación Biomédica (IRB Barcelona) y del Barcelona Supercomputing Centre (BSC-CNS), explica a SMC que “el campo del estudio del microbioma (como otros campos en rápida expansión) sufre de la existencia de dogmas y simplificaciones asumidos tempranamente en base a una información muy limitada y que tenemos que corregir y modular a medida que conocemos más. Una de las cualidades más importantes de la ciencia es su capacidad de autocorreción”.

Junto a él, también a SMC, Rob Knight, director del Centro de Innovación del Microbioma y catedrático en la Universidad de California en San Diego, apunta que “la falta de replicación de las asociaciones del microbioma con la enfermedad es un tema importante, pero tiene más matices que los descritos en el artículo. Para ser útil como prueba clínica, un microbio o un patrón del microbioma no tiene por qué causar la enfermedad, sino simplemente actuar como un marcador preciso de la enfermedad”.

Hay otros expertos que manifiestan que “este tipo de artículos no aportan nuevos resultados, pero sí pueden ayudar al campo a avanzar de manera más precisa y a centrar esfuerzos en las preguntas de investigación prioritarias”, como argumenta Mireia Vallés-Colomer, microbióloga experta en el estudio del impacto del microbioma intestinal en la salud, investigadora en el Laboratorio de Metagenómica Computacional de la Universidad de Trento (Italia).

Pero, como remacha Michael Woodworth, investigador de la terapéutica microbiana, profesor adjunto de Medicina, Facultad de Medicina de la Universidad Emory, “muchos de estos mitos ya han sido destacados por autores anteriores, pero conviene consolidarlos para desalentar su perpetuación.